Syeikh Yusuf Al Makassari dilahirkan di Sulawesi Selatan pada tahun 1626 dan mendapat pendidikan awal di sebuah pondok yang dipimpin oleh seorang ulama Yaman iaitu Syed Ba’lawi bin Abdullah di Bontoala, Makassar.

Kemudian beliau menyambung pengajiannya di Aceh, Mekah, Yaman, Syria dan Istanbul. Ini menunjukkan Syeikh Yusuf adalah antara ulama Nusantara yang banyak mengembara menuntut ilmu di pelbagai negara. Beliau juga satu-satunya ulama Nusantara abad ke-17 yang dapat dikenal pasti belajar di Istanbul yang merupakan pusat pemerintahan Daulah Uthmaniyah.

Syeikh Yusuf Al Makassari juga pernah menerima ijazah tarekat Syattariyah dari gurunya Mulla Ibrahim Al Kurani di Mekah bersama-sama dengan Syeikh Abdul Rauf Singkel. Setelah selesai belajar di Istanbul, beliau pulang semula ke Mekah dan mengajar selama beberapa tahun di Mekah.

Setelah itu, beliau pulang semula ke Makassar dan dari Makassar beliau dijemput oleh Sultan Banten iaitu Sultan Abdul Fattah atau lebih dikenali sebagai Sultan Ageng Tirtayasa ke Banten dan beliau dilantik menjadi penasihat dan mufti Kerajaan Banten. Syeikh Yusuf juga dinikahkan dengan puteri Sultan Abdul Fattah.

Semasa Sultan Abdul Fattah berperang dengan Belanda sekitar tahun 1670an, Syeikh Yusuf Al Makassari menjadi penasihat dan perancang utama (master mind) taktik dan strategi perang angkatan tentera Banten.

Barangkali pendedahan yang begitu banyak di luar negara terutama ketika berada dalam Daulah Uthmaniyah menyebabkan Syeikh Yusuf Al Makassari sangat genius dalam merancang perang. Angkatan tentera Belanda hampir tewas dengan angkatan tentera Banten. Belanda benar-benar gentar dengan teknik peperangan angkatan tentera Banten.

Namun Belanda yang licik menggunakan putera Sultan Abdul Fattah yang bernama Sultan Haji untuk mengalahkan Sultan Abdul Fattah. Sultan Haji mengkhianati ayahandanya dan rakyat Banten dengan bekerjasama dengan Belanda.

Pengkhianatan itu membuahkan hasil di mana Sultan Abdul Fattah dan Syeikh Yusuf Al Makassari berjaya ditangkap oleh Belanda. Syeikh Yusuf akhirnya dibuang ke Afrika Selatan dan meninggal dunia di Cape Town. Jenazahnya kemudian dibawa pulang ke Makassar.

Syeikh Yusuf sangat dikenali di luar negara seperti di Mekah, Sri Lanka, India dan Afrika Selatan. Begitu masyhurnya Syeikh Yusuf Al Makassari sehinggakan ketika beliau ditawan oleh Belanda, Maharaja Aurangzeb (Maharaja Moghul) memberi amaran kepada Belanda agar melayani Syeikh Yusuf Al Makassari dengan baik.

Sepanjang hidupnya, Syeikh Yusuf Al Makassari menulis lebih 30 buah kitab dalam bahasa Arab. Antaranya Bidayatul Mubtadi, Mir’atul Muhaqqiqin, An Nafahatul Shailaniyyah, Tanbih al Mashi, Matalib As Salikin, Tartib Az Zikr dan banyak lagi.