Pada waktu kemuncak Zaman Pertengahan, korupsi sudah pun berleluasa dalam pentadbiran Gereja. Gereja bukan lagi berada di bawah naungan kekuasan Paus di Rom. Juga, akibat kelemahan pentadbiran Maharaja Rom Suci, banyak Gereja telah tunduk di bawah kekuasaan bangsawan dan Aristokrat yang mempunyai autoriti di sesetengah tanah dan wilayah. Gereja bukan lagi menjadi tempat tumpuan keagamaan dan sosial yang selalu dirujuk oleh masyarakat sebelumnya.

Para bangsawan dan Tuan Tanah yang sepatutnya bertanggungjawab melindungi kepentingan Gereja, telah menyalahgunakan autoriti itu untuk memberikan tekanan kepada Gereja sendiri. Akhirnya, gereja telah menjadi kilang menghasilkan gandum, bengkel menghasilkan dan menyimpan senjata, ketuhar untuk menghasilkan makanan. Malah, dalam sesetengah kes, gereja telah digunakan sebagai tempat bahan buangan.

Tidak cukup dengan itu, para biskop dan paderi turut tunduk terhadap aturan-aturan tersebut. Tambahan lagi, Aristokrat melihat posisi di Gereja sebagai sebuah keistimewaan, maka jawatan-jawatan di Gereja dipenuhi oleh mereka. Malah, menjadikan hak milik Gereja itu sebagai hak milik mereka, bukan hak milik umum.

Korupsi dalam pentadbiran Paus di Rom juga menjadikan Gereja melemah. Paus sendiri telah dilantik oleh mereka yang berkepentingan. Aristokrat di Rom melantik ahli keluarga mereka untuk mendapatkan jawatan Paus supaya mereka dapat menguasai Rom sendiri.

Salah seorang Paus yang bermasalah adalah John XII (937M – 964M), yang menjadi Paus pada umur 18 tahun melalui pengaruh keluarganya. Merupakan seorang yang hampir buta huruf dan terlibat dalam skandal seksual.

Sebagai penjaga makam St. Peter dan Paul serta sebagai ketua spiritual Kristendom Barat, Kepausan tetap menjadi institusi yang dihormati walaupun ia berada pada tahap yang mengecewakan. Tetapi Paus yang menduduki ‘kerusi’ St. Peter telah dijadikan sebagai suatu urusan yang sangat penting (Judith G. Coffin, Robert C. Stacey, Robert E. Lerner, Standish Meacham, 2002).

Pada sekitar tahun 1300M, Gereja mula korup kembali. Bukan korup kerana kerancuan sistem pentadbirannya seperti sebelum ini, tetapi akibat salah guna kuasa dan ketamakan badan-badan Gereja. Pada sekitar tahun 1305M, Jabatan Kepausan telah berpindah ke Avignon, Perancis dan terpaksa tunduk pada kepentingan Kerajaan Perancis.

Hal ini kerana konflik antara Raja Philip IV (1268M – 1314M) dengan Paus Boniface VIII (1235M – 1303M) memunculkan kemenangan besar ke atas kerajaan Perancis. Paus-paus yang menggantikan Boniface VIII tidak sanggup mengundang kemarahan kerajaan Perancis untuk berlepas daripada cengkaman mereka.

Walaupun begitu halnya, Paus-paus ini sedar akan hakikat sebenarnya mereka mempunyai kelebihan tersendiri dengan tunduk pada kepentingan tersebut. Pertamanya adalah mereka selamat melicinkan pentadbiran di Avignon berbanding di Rom, Itali. Pada waktu itu, Rom mengalami pergolakan politik dan pemberontakan sehingga Paus sendiri tidak mampu mencari perlindungan untuk mempertahankan kestabilan pentadbiran.

Tambahan lagi, kerajaan Perancis memberikan perlindungan kepada Gereja ketika di Avignon. Selain itu, Gereja mampu mendapatkan bantuan daripada kerajaan Perancis untuk mendapatkan kepentingan polisi dua hala di Selatan Itali dan Jerman.

Mungkin, peristiwa penting yang menyebabkan rosaknya pentadbiran Gereja adalah apabila Raja Perancis menawarkan calon-calonnya sendiri untuk memenuhi badan Gereja sebagai pulangan mereka akan memberikan bantuan kewangan yang besar untuk Gereja. Apa yang pernah diperjuangkan oleh Gregory VII supaya tiada campur tangan aristokrat dalam urusan Gereja, akhirnya hancur pada lewat Zaman Pertengahan.

Walaupun begitu, Gereja semakin maju dalam menguruskan pentadbirannya. Hal kewangan dan pengisian jawatan kosong semakin licin pengurusannya. Dalam hal pengisian jawatan kosong, Gereja selalunya menamakan calon-calon yang dicadangkan oleh Raja Perancis dan Raja England. Selain itu, pembendungan gerakan-gerakan bidaah semakin berjaya dan tentunya kekejaman tidak dapat dielakkan.

Gereja maju dari sudut pengurusan dan pentadbirannya, tetapi korupsi mula menular. Gereja mula hilang kepercayaan dan hormat daripada masyarakat. Wang atau bayaran yang diminta oleh Gereja terlalu tinggi sehingga masyarakat menjauhi mereka.

Lantaran kutipan bayaran daripada masyarakat, kehidupan para Paus dan paderi terlalu mewah sehingga mengatasi segolongan aristokrat tertentu. Pentadbiran Paus Celement VI (1291M -1352M) adalah antara yang paling korup. Beliau sanggup mendapatkan kekayaan atas nama agama. Beliau juga sanggup melantik sesiapa saja walaupun tidak layak sekiranya kehendak politik memaksanya melakukan sedemikian.