Selepas pelabuhan Melaka dan kotanya jatuh ke tangan Portugis, Sultan Mahmud Syah dan Sultan Ahmad Syah berundur ke kawasan pedalaman Melaka. Disebabkan kekalahan yang tidak diduga, pengunduran Sultan dan pembesarnya agak tidak tersusun dan dilakukan secara tergesa-gesa. Bagi Sultan dan sebahagian kerabat diraja mereka memilih kawasan Bertam yang terletak dibahagian hulu sungai Melaka untuk berlindung dan berkumpul. Di Bertam, Sultan kemudiannya membina benteng pertahanan pertama setelah kekalahan kota Melaka di kawasan bernama Batu Hampar.

Benteng pertama ini kemudiannya diserang dan dimusnahkan oleh pasukan Portugis pada bulan September 1511. Ekoran kejatuhan benteng Bertam, Sultan Melaka dan pasukannya kembali berundur ke kawasan sekitar Sungai Muar dan memilih lokasi Pagoh untuk membina benteng baru bagi menjadi pangkalan untuk merampas semula kota Melaka. Pemilihan Pagoh mungkin ada kaitan dengan nostalgia Sultan Mahmud Syah ke atas ayahandanya Sultan Alauddin Syah yang dimakamkan disitu. Secara tidak langsung, ia memberi motivasi kepada Sultan dan tentera Melaka untuk terus berjuang menentang pasukan Portugis.

Sultan Mahmud Syah dan anakandanya Sultan Ahmad Syah kemudiannya memperkukuhkan pertahanan di sekitar sungai Muar apabila turut membangunkan kubu Bentayan di kuala sungai. Kubu ini bukan sahaja berguna sebagai pertahanan hadapan, tetapi turut menjadi pengkalan pasukan Melayu berkumpul sebelum menyerang kedudukan askar Portugis di Melaka. Sepanjang tempoh persediaan peperangan, pasukan Melaka telah diselia oleh Laksamana Hang Nadim, anak Laksamana Hang Jebat dan merupakan menantu kepada Laksamana Hang Tuah. Legasi keluarga Laksamana yang cemerlang dalam bidang ketenteraan menjadi taruhan Sultan Mahmud Syah untuk merampas semula pelabuhan dan kota Melaka.

Selain menyediakan persiapan fizikal, Sultan Mahmud Syah sendiri turut melancarkan operasi perisikan. Baginda secara sulit mengumpul maklumat berkaitan Portugis selain mengenal pasti perisik musuh dalam pasukannya. Laporan perisikan mendapati anak saudara Sultan Mahmud Syah Melaka yang juga menjadi Raja Kampar Sumatera membekalkan maklumat penting pasukan Melaka kepada Portugis sehingga menyebabkan kekalahan mereka sebelum ini.

Sebagai tindak balas, Sultan Mahmud Syah telah melancarkan perang saraf ke atas Portugis pada Oktober 1511 dengan mewujudkan persepsi bahawa anak saudara baginda adalah ejen perisikan Melaka yang mengintip kelemahan Portugis. Perang saraf ini berjaya dan akhirnya pihak Portugis yang keliru mengambil risiko mengorbankan anak saudara Sultan Melaka yang selama ini berjasa kepada mereka.

Setelah Portugis menyedari kesilapan mereka, Portugis turut menangkap dan membunuh seorang ejen perisik Sultan Melaka pada 27 Disember 1511. Ejen perisik ini bernama Timutu Raja. Setelah disoal siat, perisik Melaka ini telah dipancung sebelum Affonso d’ Albuquerque meninggalkan Melaka dan kembali ke Goa India. Namun, maklumat yang didapati telah digunakan untuk memusnahkan pengkalan pasukan Melayu Melaka di Bentayan dan juga Pagoh.

Dalam serangan kali ini, pasukan Portugis dengan kekuatan 1300 anggota dan beberapa buah kapal perang telah bertempur di utara muara sungai Muar sebelum menyerang benteng Pagoh di bahagian hulu sungai. Dalam pertempuran ini, Sang Setia telah terbunuh manakala Bendahara Tepok pula meninggal dunia semasa dalam pengunduran ke sungai Serting untuk menyusun pasukan baru di Pahang. Bendahara Tepok yang juga saudara Tun Perak telah dikebumikan di Lubuk Batu sekitar Segamat Johor hari ini.

Setelah kembali menyusun kekuatan di Pahang, Sultan Mahmud Syah Melaka telah pergi ke Bentan sebelum belayar semula ke Muar dan menduduki semula Pagoh dan Bentayan. Setelah kembali menguasai keseluruhan kawasan sungai Muar, Sultan Mahmud Syah kembali menyusun pasukan tenteranya untuk menyerang Portugis di Melaka. Dalam siri serangan kali ini pertama kali, Sultan Mahmud Syah memilih strategi pertempuran laut.

Laksamana Hang Nadim mengetuai pasukan laut Melaka berhadapan dengan pasukan laut Portugis yang diketuai oleh Fernao Peres de Andrea. Setelah dua pasukan ini bertempur di sekitar utara sungai Muar, pasukan tentera Melaka kalah dan Pagoh sekali lagi diserang oleh Portugis untuk kali kedua.

Setelah pertempuran ini, Sultan Mahmud Syah berundur semula ke Bentan. Di pulau berkenaan baginda mula mengasaskan sebuah pusat pentadbiran baru bagi Melaka.  Seluruh kawasan seperti Muar, Pagoh, Beruas, Selangor, Lingga dan Inderagiri ditadbir terus dari istana sultan di Bentan. Bagi menguruskan pentadbiran Muar yang sibuk dengan aktiviti sosioekonomi, seorang Syahbandar telah dilantik bagi pihak Sultan Mahmud Syah di Bentan.

Setelah kemangkatan Sultan Ahmad Syah di Bentan dan digelar Marhum Bukit Batu, Sultan Mahmud Syah telah melantik Raja Muzaffar Syah sebagai Raja Muda Melaka. Raja Muzaffar Syah adalah anak baginda dari keturunan Puteri Kelantan. Raja Muda Muzaffar Syah kemudiannya dikahwinkan dengan anak Permaisuri Melaka Tun Fatimah yang bernama Tun Terang. Tun Terang adalah anak dari perkahwinan pertama Tun Fatimah dengan sepupunya Tun Ali. Raja Muda Muzaffar Syah dan Tun Terang kemudiannya mendapat anak bernama Raja Mansur yang akhirnya menjadi salah seorang Sultan Perak.

Anak kepada Bendahara Tun Tepok yang dikebumikan di Lubuk Batu Tun Khoja Ahmad dinaikan pangkat dari Tun Pikrama atau Timbalan Bendahara kepada Bendahara Paduka Raja. Beliau kemudiannya menurunkan keturunan bendahara Johor Lama dan kemudian sebahagian keturunannya mengasaskan kesultanan Johor Moden, Pahang Moden dan Terengganu Moden.

Manakala Tun Fatimah sendiri telah selamat melahirkan anak lelaki Sultan Mahmud Syah yang diberi nama Raja Ali. Setelah itu, Raja Ali diberikan gelaran Raja Kecil Besar dan akhirnya ditabalkan sebagai Sultan Muda. Tindakan ini sebagai memenuhi janji Sultan Mahmud Syah untuk merajakan anak lelaki Tun Fatimah sebagai pengganti Sultan Mahmud Syah. Raja Muda Melaka, Sultan Muzaffar Syah kemudiannya berundur ke Perak dan ditabalkan sebagai Sultan Perak. Keturunan baginda turun temurun menjadi pengasas Kesultanan Perak Moden hari ini.

Selepas 1512, banyak peristiwa penting berlaku mencorakan institusi masyarakat Melayu hari ini. Boleh dikatakan hampir semua kesultanan Melayu hari ini bermula dari kalangan anggota kerabat diraja dan pembesar Melaka yang terselamat setelah peristiwa kejatuhan kota Melaka pada 1511. Mereka menyambung tradisi pemerintahan Melayu yang bermula dari era Empayar Melayu Srivijaya dan diubah suai secara berhati-hati untuk menjadi sebuah institusi kesultanan Melayu dalam bentuk yang baharu.

RUJUKAN:

• Buyong Adil, Sejarah Johor,
• Tun Seri Lanang, Sulalatus Salatin
• Farahana Shuhaimi, Tasjil Anis Salatin
• Kalthum Jeran , Hikayat Pahang
• Sarnia Hayes Hoyt, Old Malacca
• W.G Shellabear, Sejarah Melayu