Pada Disember 1949, di akhir Revolusi Kebangsaan Indonesia, Belanda telah bersetuju untuk mengiktiraf kedaulatan Indonesia ke atas bekas kawasan Hindia Timur Belanda, namun tidak termasuk New Guinea Barat, yang masih dipegang oleh Belanda dan dikenali sebagai New Guinea Belanda. Kerajaaan nasionalis Indonesia menyatakan bahawa mereka ingin menamatkan pemerintahan koloni Belanda ke atas kepulauan tersebut dan penguasaan Belanda di New Guinea Barat menyaksikan ia menjadi wilayah pengganti  kepada seluruh Hindia Timur Belanda.

Belanda pula menyatakan bahawa penduduk Papua secara etniknya adalah berbeza dan Belanda akan terus  mentadbir wilayah tersebut sehingga orang Papua berkebolehan untuk mentadbir kawasan mereka sendiri. Pada tahun 1950, Belanda dan kuasa-kuasa Barat yang lain bersetuju bahawa penduduk Papua perlu diberi kemerdekaan, tetapi hasrat tersebut dihalang disebabkan pertimbangan antarabangsa, khususnya oleh Pentadbiran Kennedy yang ingin mengekalkan sokongan Indonesia kepada pihak Amerika Syarikat ketika Perang Dingin, lalu Amerika Syarikat meminta agar Belanda mengorbankan kemerdekaan Papua dan menjadikan Papua sebagai salah satu wilayah di dalam Indonesia.

Pada tahun 1962, Belanda bersetuju menyerahkan wilayahnya kepada pentadbiran sementara PBB dan menandatangani Perjanjian New York, di mana perjanjian tersebut memperuntukkan pungutan suara yang akan dilangsungkan sebelum tahun 1969. Pasukan ketenteraan Indonesia bertanggungjawab dalam mengaturkan pungutan suara tersebut yang dikenali sebagai “Act of Free Choic.” Pungutan suara ini bertujuan untuk menentukan pandangan masyarakat terhadap masa depan wilayah Papua dan Papua Barat. Keputusannya majoriti memilih ingin wilayah Papua dan Papua Barat bersatu dengan Indonesia.

Namun terdapat pelanggaran syarat  oleh Indonesia dalam Perjanjian bersama Belanda, di mana pungutan suara tersebut melibatkan campur tangan tentera Indonesia dan seramai 1025 orang yang terlibat dalam pungutan suara tersebut telah diacukan senjata oleh tentera Indonesia dan memaksa mereka memilih untuk bersatu dengan Indonesia. Tambahan pula, jumlah pengundi yang mengundi hanya 1% daripada jumlah yang sepatutnya terlibat dalam pungutan suara tersebut. Sejauh mana pungutan suara itu sah menjadi pertikaian oleh aktivis kemerdekaan Indonesia dan mereka telah melancarkan tunjuk perasaan untuk membantah perlakuan tentera Indonesia di Papua.

Kerajaan Indonesia telah dituduh melakukan pencabulan hak asasi manusia dan antara buktinya ialah kerajaan Indonesia akan melancarkan serangan keatas sesiapa yang menyokong OPM ( Organisasi Papua Merdeka ) dan juga memenjarakan sesiapa yang mengibarkan bendera Papua Barat “Bintang Pagi“ kerana hal tersebut dianggap sebagai satu pengkhianatan kepada negara. Melalui Program Transmigrasi ( program yang merupakan inisiatif kerajaan koloni Belanda yang diteruskan oleh kerajaan Indonesia untuk memindahkan orang tidak bertanah daripada wilayah yang populasi penduduknya banyak ke kawasan yang kurang penduduk di Indonesia ), di mana sejak tahun 1969, kira-kira separuh daripada 2.4 juta penduduk Indonesia merupakan orang yang berketurunan Papua yang lahir di Pulau Jawa termasuk yang bermigrasi daripada Papua, walaupun berlaku peningkatan dalam perkahwinan campur dan transmigran dalam keturunan namun mereka masih melihat diri mereka sebagai orang Papua berbanding kumpulan etnik ibu bapa mereka.

Pada tahun 2010, seramai 13 500 orang pelarian daripada Papua tinggal dalam buangan di Papua New Guinea, sebuah wilayah merdeka yang bersempadan dengan Papua dan kadang-kadang akan terjadi pergaduhan di sempadan negara tersebut. Akhirnya, pasukan pertahanan Papua New Guinea ( PNGDF ) telah meletakkan penjaga sempadan di sepanjang bahagian barat sempadan Papua New Guinea untuk menghalang ahli OPM daripada menyusup masuk ke Papua New Guinea. Tambahan pula, kerajaan Papua New Guinea telah memaksa keluar penduduk “ penyeberang sempadan “ dan berjanji bahawa tiada pelarian yang dibenarkan untuk membuat aktiviti bersifat anti-Indonesia yang akan kekal di negara tersebut. Pada akhir tahun 1970-an, OPM telah melakukan tindak balas terhadap tindakan Papua New Guinea yang dikenali dengan “Ancaman Kepada Projek Perniagaan Dan Ahli Politik Papua New Guinea Untuk Pasukan Pertahanan Papua New Guinea Yang Menentang OPM”. PNGDF telah membentuk sebuah pasukan penjaga sempadan bersama dengan Indonesia pada tahun 1980-an, walau bagaimanapun operasi PNGDF menentang ahli OPM di Papua New Guinea masih berlangsung pada masa yang sama.

Pada tahun 2004, Kempen Pembebasan Papua Barat yang bertapak di United Kingdom telah dibentuk oleh Benny Wenda yang merupakan pemerintah Papua Barat yang dibuang negeri yang bertujuan untuk mendesak PBB bagi mengadakan sebuah Referendum Kemerdekaan di Papua. Kempen tersebut telah mendapat sokongan antarabangsa dan disokong oleh tokoh yang berpengaruh seperti pemenang Noble Keamanan, Laureate Archbishop Desmond Tutu. Pada tahun 2012 pula, Kempen tersebut telah mendatangkan kemarahan kepada Presiden Indonesia ketika itu, Susilo Bambang Yudhoyono ketika lawatannya ke United Kingdom pada bulan Oktober dan November tahun tersebut. Yudhoyono telah memprotes mengenai pengibaran bendera Pembebasan Papua Barat kerana beliau melihat bendera tersebut banyak berkibar di London, Yudhoyono beralasan bahawa tindakan tersebut salah di sisi undang-undang jika dilakukan di Indonesia.

Konflik ini masih lagi berlanjutan sehingga sekarang dan buktinya pada bulan May 2016, sebuah tunjuk perasaan secara besar-besaran telah berlaku bermula sejak awal bulan May yang bertujuan bagi menyokong Gerakan Pembebasan Papua dan usaha tersebut juga sebagai  cara Papua untuk menyertai Melanesian Spearhead Group dan kesannya beribu penunjuk perasaan telah ditangkap oleh polis Indonesia.