Sekolah Pondok yang mula wujud di Tanah Melayu seawal abad Ke-13, ada sejarah dan perkaitan fungsi Sekolah Pondok sebagai institusi agama (bukan Islam sahaja) sudah lama bermula sejak zaman Yunani, lama sebelum kewujudan Islam.

Istilah “Pondok” sebenarnya berasal dari Tamadun Yunani iaitu “Pandokian” yang bermaksud tempat menginap, tempat berteduh (lahiriah dan spiritual) serta gambaran sebuah tempat atau rumah yang “mengalukan kehadiran semua orang asing yang datang”.

Pandokian, atau dieja juga sebagai “pandocheion” dan “pandokeion” dalam tamadun Yunani merupakan rumah tanpa bilik, bersifat dorm atau asrama yang meletakkan semua penghuninya di dalam ruang yang sama. Konsep sama seperti asrama di sekolah moden hari ini.

Dalam masyarakat Yunani, rumah-rumah mereka kebanyakannya dibina sedemikian rupa, malah berkongsi dinding pula dengan kandang ternakan dan kuda tunggangan.

*Dalam Sejarah Melayu ada kisah tentang Ambangan, kuda yang tinggal bersebelahan dengan tempat Raja Zainal beradu

Kristian kemudiannya mengangkat pandokian sebagai sebuah institusi spiritual, yang menjadi model sekolah-sekolah mubaligh terawal di Eropah atau “missionary schools” yang memiliki asrama-asrama buat pelajarnya menetap dan tinggal lama mendalami ilmu agama Kristian.

Di institusi ini jugalah asalnya muncul ahli-ahli filsuf dan pemikir-pemikir Yunani yang giat mencambahkan ilmu dan penemuan-penemuan baharu demi kelangsungan pelbagai cabang ilmu, selain mengenal ilmu tentang ketuhanan.

Konsep sama diteruskan oleh Islam yang kemudian menguasai sebahagian besar Eropah, meminjam istilah pandokian tadi kedalam Arab dan dieja sebagai “فندق” (funduq), dengan maksud sama iaitu tempat berteduh dan menginap juga menerima semua tetamu dan orang asing yang datang.

Institusi pendidikan Islam terawal ditubuhkan dengan konsep sama seperti pandokian Yunani tadi. Sekolah mubaligh Kristian ditukar kepada Sekolah Pondok, menukar fungsinya hingga menyamai sistem Sekolah Pondok yang kita tahu hari ini.

Eropah mundur dalam Zaman Gelap, dek gerhana keilmuan dan ketamadunan saat Rom jatuh. Mereka tenggelam hinggalah Islam membawa sinar dan syiar menerangi kembali Eropah dengan ilmu dan teknologi yang tidak dapat tidak turut disumbangkan melalui sistem Sekolah Pondok ini tadi.

Selebihnya ia menjadi sejarah. Apabila Islam tiba di Alam Melayu, ia membawa bersama risalah dan wacana ilmuan dan ketamadunan, guru-guru dan murabbi yang dihormati, menyebarkan Islam bersama sistem Sekolah Pondok seperti yang kita tahu masih lagi wujud sehingga hari ini.

Mereka tiba ke Alam Melayu dan mengasaskan sistem Sekolah Pondok, apa yang diamalkan di Sekolah Pondok di Tanah Melayu atau digelar juga sebagai Pasentren di kepulauan Sumatera, Jawa juya seluruh Indonesia moden hari ini.