Pada tahun 1046M, Maharaja Henry III (1017M – 1056M) telah melucutkan jawatan tiga orang bangsawan Rom yang mendakwa menjadi Paus, dan melantik seorang reformer dari Jerman sebagai Paus yang baru, iaitu Leo IX (1002M – 1054M). Pembaharuan institusi Paus bermula pada waktu pemerintahan beliau yang cuba memahsyurkan kembali perintah menentang simony, perkahwinan serta perlakuan tidak bermoral dalam kalangan para rahib dan paderi. Leo IX juga menekankan aspek pembaharuan dalam pentadbiran, terutamanya berhubungan dengan struktur organisasi Gereja, di mana ketaatan kepada Paus bukan sahaja dalam urusan spiritual semata-mata. Malah, mengiktiraf Paus sebagai ketua undang-undang yang sah ke atas seluruh Gereja Kristian.

Gerakan Leo IX dan beberapa Paus reformer selepasnya meluas hingga ke Perancis, Itali dan Jerman. Walaupun begitu, gerakan ini hanya dapat sokongan apabila pemerintah sekular wilayah tersebut menyokongnya. Salah seorangnya adalah Maharaja Henry III sendiri. Pada tahun 1056M, kematian Maharaja Henry III telah meruntuhkan perlindungan ke atas Institusi Paus dan gerakan refomernya. Setelah kematian Paus Stephen IX (1020M – 1058M) pada tahun 1058 M, aristokrat Roman mengambil kesempatan tersebut untuk mengisi jawatan Paus dalam kalangan mereka.

Nicholas II (990M – 1061M) telah dilantik sebagai Paus dalam kalangan reformer dan menjalinkan hubungan ketenteraan dengan penguasa Norman untuk menentang Paus aristokrat Rom. Akhirnya, Paus tersebut telah dihalau keluar dari Rom. Susulan itu, Nicholas II telah melancarkan peraturan baru mengenai perlantikan Paus berikutan kerancuan sistemnya yang tak menentu pada sebelum ini serta melindunginya daripada sebarang pengaruh aristokrat Rom dan mana-mana pemerintah sekular. Beliau meletakkan hak perlantikan Paus pada badan kardinal, menjadikan badan tersebut merupakan badan yang diiktiraf dan istimewa dalam Gereja. Peraturan ini memberikan rasa tidak senang kepada penasihat Maharaja Henry IV (1050M – 1106M) yang masih kecil, yang melihat peraturan itu mencabar maharaja yang turut mempunyai hak melantik Paus yang baru. Permusuhan antara pemangku maharaja muda dan Paus reformer telah mengeruhkan badan pentadbiran Kepausan dan pentadbiran empayar.

Pentadbiran Empayar Rom Suci yang dibimbing oleh pemangku maharaja telah menimbulkan permusuhan dengan institusi Paus ketika diperintah oleh Nicholas II dan Alexander II (?M – 1073M). Setelah Maharaja Henry IV meningkat remaja, beliau cuba memperbaiki hubungan antara kedua-dua pentadbiran tersebut. Malah, Henry IV menyalahkan pemangkunya kerana mengeruhkan keadaan. Pada masa ini, kepausan ditadbir oleh Gregory VII (1015M – 1085M).

Pentadbiran Gregory VII tidak beberapa baik pada peringkat awal berikutan perlantikannya telah melanggar peraturan yang pernah dikeluarkan oleh Nicholas II, iaitu perlantikan Paus oleh badan Kardinal. Beliau telah dilantik atas rusuhan yang berlaku dalam kalangan rakyat Rom. Gregory VII seorang reformer dan mempunyai pengalaman dalam pentadbiran kepausan sebelum beliau dilantik menjadi Paus. Kelihatannya badan Kardinal tetap akan melantik Gregory VII sebagai Paus walaupun rusuhan tersebut tidak berlaku.

Walau bagaimanapun, hubungan damai ini hanya berkekalan tidak sampai 5 tahun pun. Pada tahun 1075M, hubungan antara maharaja dan Paus mulai renggang atas beberapa isu seperti status jabatan raja Kristian, hubungan antara pihak berkuasa politik dan agama, serta batas pengawalan oleh maharaja dan Paus ke atas badan-badan agama. Kuasa maharaja ke atas badan-badan agama dikikis, terutamanya perlantikan badan-badan tertinggi seperti biskop dan abbots. Maharaja sudah tidak mempunyai kuasa perlantikan ke atas jawatan tersebut. Gregory VII mempunyai visi untuk membendung sebarang bentuk pencabulan jawatan badan agama. Hal ini tidak akan dapat dilaksanakan selagi terdapat campur tangan daripada mana-mana badan aristokrat dan pemerintah sekular.

Maharaja Henry IV tidak menerima perkara ini kerana biskop dan abbots sangat memainkan peranan penting dalam pentadbirannya. Henry IV memberikan respon terhadap peraturan yang dikeluarkan oleh Gregory IV ini dengan melantik ketua biskop di Milan. Gregory IV membalas dengan memencilkan beberapa pembesar maharaja termasuk mereka yang terlibat dengan perlantikan ketua biskop itu. Ketegangan kedua-dua belah pihak, akhirnya mengakibatkan Henry IV sendiri dan sejumlah besar agamawan yang menyokongnya dipencilkan. Sejurus itu, Gregory IV mencetuskan peperangan antara Henry IV dengan musuhnya iaitu bangsawan Saxon. Akhirnya, pada Januari 1077, Henry IV mengambil kesempatan ke atas penipuan pengakuannya supaya mengaku kalah dengan menyerang hendap pasukan Saxon lalu Gregory VII melarikan diri dari Rom. Pada tahun 1085M, Gregory VII meninggal dalam pelarian di Salerno.

Konflik yang berlaku antara Maharaja Henry IV dan Paus Gregory VII memperlihatkan perpecahan antara sistem politik empayar dan pentadbiran agama Kristian. Seolah-olah Gregory VII mahu memisahkan urusan agama daripada badan politik yang kita kenali sebagai sistem sekular. Untuk melicinkan urusan agama tanpa sebarang unsur korupsi dan pencabulan, Gregory VII mahu membersihkan sebarang campur tangan pemerintah dan aristokrat.

Apa yang mahu dicapai oleh Gregory VII, tidak pernah beliau fikirkan untuk mewujudkan pemisahan antara Gereja dan empayar. Beliau dan Maharaja Henry IV sama-sama mahukan penyatuan badan politik dan badan agama dalam mengetuai masyarakat Kristian, tetapi konflik antara keduanya tidak dapat dielakkan. Gregory VII mempunyai metafora bahawa beliau dan Henry IV adalah dua mata dalam satu tubuh Kristian. Tetapi yang menjadi konflik tentang hal itu adalah mata mana yang patut mengetuai badan tersebut. Gregory VII dan Henry IV masih memegang tradisi Carolingian bahawa pemerintah sesebuah masyarakat Kristian mempunyai misi membawa masyarakatnya ke syurga dan dekat kepada Tuhan, tetapi yang menjadi isu adalah, siapakah di antara maharaja dan Paus yang patut menjadi pemerintah tertinggi.

Tidak boleh ada dua kapten dalam satu kapal. Tanpa pemisahan badan spiritual dan badan duniawi, konflik mereka tidak akan pernah selesai. Sama ada maharaja ataupun Paus, keduanya mempunyai kuasa yang menyebabkan mereka tidak mampu mengalahkan antara satu sama lain. Mereka juga saling memerlukan antara satu sama lain dan tidak dapat membayangkan apa akibatnya kepada masyarakat apabila dua badan ini terpisah.

Konflik ini membawa kepada perjanjian damai yang berlaku di Worms, Jerman pada tahun 1122M. Perjanjian ini menyelesaikan konflik dengan pemisahan antara urusan sivil dan urusan agama. Sejauh mana batas pemisahan itu menjadi konflik baru yang muncul selepas itu. Sekiranya, seorang paderi melakukan jenayah sivil, siapakah yang patut menghukum paderi tersebut? Maharaja ataupun Paus? Siapakah yang patut menggariskan peraturan terhadap pengesahan perkahwinan apabila datangnya isu pewarisan harta? Isu ini memberikan definisi batas pemisahan kedua-dua badan tersebut. Konflik ini merupakan salah satu tanda perubahan yang berlaku di Barat pada skala yang besar pada kurun mendatang.