Banjir besar Kota Tinggi pada tahun 2006 sebenarnya bukan satu kejadian banjir yang biasa kerana ia direkodkan sebagai antara banjir paling buruk dalam sejarah Johor. Pada bulan Disember 2006 hingga Januari 2007, hujan luar biasa lebat menyebabkan Sungai Johor melimpah sehingga menenggelamkan hampir seluruh bandar.

Data yang telah dikeluarkan daripada Jabatan Meteorologi menunjukkan kawasan Johor menerima taburan hujan lebih daripada 350 milimeter dalam masa beberapa hari.

Banjir ini berlaku dalam dua gelombang utama. Gelombang pertama bermula pada 19 Disember 2006 apabila hujan tidak berhenti selama beberapa hari. Paras air di Kota Tinggi naik sehingga lebih lima meter di beberapa kawasan dan memaksa ribuan penduduk berpindah ke pusat pemindahan.

Gelombang kedua yang datang pada 11 Januari 2007 jauh lebih teruk dan dianggap kemuncak bencana itu. Hujan monsun timur laut membawa jumlah hujan lebih tinggi daripada gelombang pertama.
Kawasan yang tidak terjejas pada gelombang pertama turut tenggelam dan penduduk tidak sempat bersedia.

Bandar Kota Tinggi hampir lumpuh sepenuhnya. Banyak kedai dan rumah di kawasan pusat bandar ditenggelami sehingga paras bumbung. Jalan utama yang menghubungkan Kota Tinggi ke Johor Bahru, Mersing dan Kluang tidak lagi boleh digunakan kerana ditutup akibat banjir. Keadaan ini menyukarkan pasukan penyelamat untuk masuk segera ke kawasan terjejas.

Lebih 12,000 penduduk seluruh Johor dipindahkan pada waktu itu, dan Kota Tinggi menjadi antara daerah yang mencatat jumlah mangsa tertinggi. Sekolah, dewan dan masjid dijadikan pusat pemindahan. Ramai keluarga terpaksa tinggal di situ berhari-hari sementara menunggu air surut.

Anggota bomba, polis dan tentera memainkan peranan penting dalam operasi menyelamat. Mereka menggunakan bot untuk membawa keluar penduduk yang terperangkap di tingkat atas rumah dan kedai.

Ada juga operasi udara dilakukan menggunakan helikopter bagi menghantar bekalan makanan ke kawasan yang tidak dapat diakses melalui jalan darat. Kerugian akibat banjir ini sangat besar. Laporan rasmi kerajaan menyebut jumlah kerugian keseluruhan di Johor mencecah berbilion ringgit.

Di Kota Tinggi sahaja, banyak premis perniagaan musnah kerana peralatan dan stok barang rosak selepas ditenggelami air berlumpur. Sektor pertanian terjejas teruk termasuk ladang kelapa sawit, sayur dan ternakan.

Selain itu, banyak infrastruktur rosak seperti jalan, jambatan dan sistem perparitan. Kerja membaik pulih mengambil masa berbulan bulan kerana kerosakan terlalu meluas. Pencawang elektrik yang terjejas turut menyebabkan gangguan bekalan di beberapa kawasan dalam tempoh yang lama.

Selepas air surut, penduduk terpaksa berdepan fasa pembersihan yang sangat memenatkan. Lumpur tebal memenuhi lantai rumah dan kedai. Ramai yang terpaksa membuang hampir semua perabot dan barang elektrik kerana tidak lagi boleh digunakan. Bau lumpur dan sampah menjadi cabaran besar sepanjang minggu pertama selepas banjir surut.

Walaupun keadaan sangat sukar, semangat masyarakat di Kota Tinggi membantu mempercepat proses pemulihan. Gotong royong diadakan hampir setiap hari dengan bantuan sukarelawan dari luar daerah. Mereka membersihkan rumah, mengangkat sampah, dan menghantar bekalan asas kepada mangsa.

Banjir besar Kota Tinggi 2006 telah menjadi pengajaran penting kepada kerajaan dan masyarakat. Sistem tebatan banjir dipertingkatkan dan kerja mendalamkan sungai serta menaik taraf parit mula dijalankan secara besar besaran. Amaran cuaca dan ramalan hujan juga diberi perhatian lebih serius selepas kejadian itu.

Sehingga kini, peristiwa itu tetap dikenang sebagai detik paling mencabar dalam sejarah Kota Tinggi. Ramai yang melalui situasi itu masih ingat bagaimana air naik begitu cepat dan sangat tinggi, serta bagaimana mereka terpaksa bergantung pada bantuan pasukan keselamatan. Walaupun bencana itu meninggalkan kerosakan besar, ia juga menunjukkan ketabahan dan kekuatan masyarakat setempat.