Sejarah tertulis Jepun dikesan melalui teks-teks klasik sejarah China sejak abad ke – 1 lagi. Walaubagaimanapun, sebenarnya Jepun telah diduduki sejak zaman Pra-Sejarah awal lagi. Ini berdasarkan penyelidikan arkeologi yang dijalankan di Jepun. Semasa Zaman Jomon iaitu sekitar tahun 12000 SM , Jepun dikatakan merupakan kawasan yang kaya yang menggalakkan perkembangan manusia yang mana Jepun merupakan pengeluar tembikar yang terawal. Jepun mula-mula mengedakan hubungan luar dengan China iaitu sekitar tahun 200 M. Berbanding dengan negara China, masyarakat Jepun pada waktu itu dikira agak mundur sedikit dalam pelbagai bidang.

Nihon atau Nippon adalah nama negara Jepun yang bermaksud “Tanah Matahari Terbit”. Nama lain Jepun juga disebut sebagai Yamato dalam catatan kuno. Nihon pula ialah perkataan yang merujuk kepada negara Jepun yang diberikan oleh orang Korea yang datang melawat Jepun. Nama ini terus kekal sehingga hari ini. Namun semasa pemerintahan Meiji (1868- 1926) dan zaman Taiso (1912-1926) perkataan Nippon mula digunakan untuk memberi impak maksimum kepada semangat kebangsaan orang Jepun.

Mengenai asal-usul orang Jepun. Terdapat 3 teori yang menerangkannya iaitu :

a ) Orang Jepun dikatakan berasal daripada orang Ainu (Proto- Caucasoid).

b ) Orang Jepun asal daripada orang Mongoloid.

c ) Orang Jepun berasal dari orang nusantara.

Mengikut sejarah orang Ainu telah menduduki negara Jepun 5000 tahun lebih awal daripada orang Mongoloid. Orang Ainu ini berhijrah ke pulau Hokkaido dan Honshu dan mereka ini berketurunan caucasian di mana kaum lelaki mereka mempunyai kulit berwarna putih dan mempunyai bulu di muka dan badan. Orang Ainu dikatakan berasal dari bahagian timur laut Asia. Di Jepun ahli geologis telah menemui tulang rangka haiwan yang hidup di utara Asia semasa zaman Pleistocene lebih kurang 10000 – 1000000 tahun dahulu.

Penemuan ini mencadangkan bahawa terdapat dataran penghubung yang menghubungkan pulau-pulau dengan benua Asia yang menjadi laluan untuk penghijrahan manusia awal. Menurut ahli paleotologis orang Ainu datang ke pulau Hokkaido dan utara Honshu dengan menaiki rakit atau perahu-perahu kecil bermula sekitar 20,000 tahun dahulu. Pada tahun ke 8 M apabila kemasukan orang Mongoloid bertambah pesat telah menyebabkan orang Ainu ini berpindah ke utara Hokkaido. Orang Ainu ini pada masa dahulu merupakan masyarakat primitif yang hidup dengan memburu dan memungut makanan.

Orang Mongoloid berhijrah ke pulau-pulau selatan Jepun agak terkemudian sedikit daripada orang Ainu dengan menyeberangi Selat Korea yang agak sempit dan bahaya. Orang Mongoloid ini bukan dari kalangan orang China tetapi mungkin berasal dari Korea atau Asia Tengah. Terdapat juga penghijrahan orang Mongoloid dari arah selatan China yang berkemungkinan dari pulau-pulau selatan. Orang Mongoloid lelaki mempunyai kulit kekuningan, sedikit bulu di muka dan badan mereka.

Pergerakan mereka meluas dari kawasan pantai barat Jepun mengarah ke timur iaitu dari pulau Kyushu ke pulau Shikoku dan menyusur ke pantai selatan pulau Honshu. Orang Mongoloid ini dipercayai sebagai asal keturunan orang Jepun moden sekarang ini yang merupakan kumpulan terbesar penduduk Jepun. Ini berdasarkan kepada persamaan yang didapati pada rupa bentuk fizikal dan keupayaan mereka menyerap cara hidup dan kebudayaan orang Cina.

Proses-proses penyerapan juga berlaku di antara orang Mongoloid dengan orang Ainu dan di antara penghijrah-penghijrah dari Korea. Ada satu teori lain yang mengatakan bahawa orang Jepun berasal daripada orang Nusantara daripada kalangan orang Polynesia.Orang Polynesia adalah penduduk di pulau-pulau Nusantara dan merupakan pelayar yang mahir. Mengikut teori ini kemungkinan orang Polynesia ini telah belayar sehingga ke negara Jepun. Tetapi memandangkan keadaan rupa bentuk fizikal dan struktur bahasa di antarakedua-dua orang ini, adalah sukar untuk menentukan dengan jelas bahawa orang polynesia adalah asal keturunan orang Jepun.

Penemuan-penemuan alatan batu oleh ahli arkeologi di kebanyakan tempat di kepulauan Jepun dipercayai bertarikh 25,000 tahun dahulu membuktikan telah wujud budaya manusia zaman awal. Para penyelidik juga telah menemui barangan tembikar tempatan yang menunjukkan telah wujud budaya yang maju pada 10,000 SM lagi. Penduduk di zaman Jomon hidup dengan cara primitif menggunakan alatan batu, tinggal dalam rumah lubang dan menjalankan aktiviti menangkap ikan dan memungut kerang serta memburu rusa dan babi hutan.

Budaya Yayoi yang lebih maju menggantikan budaya Jomon pada abad ke 4 SM di pulau Kyushu. Budaya Yayoi berkembang mungkin kerana penghijrahan orang-orang Mongoloid melalui Selat Korea ke pulau Kyushu untuk mengelak daripada kekacauan yang berlaku di negara China pada ketika itu.

Penghijrah-penghijrah ini membawa kemahiran melebur dan membentuk besi serta teknik menanam padi basah. Alatan besi telah digunakan dengan meluasnya dalam bidang pertanian seperti alatan cangkul, sabit, tajak dan lain-lain. Pada zaman ini satu alat memutar tembikar dengan menggunakan roda telah digunakan untuk menghasilkan tembikar telah digunakan dengan meluasnya.

Alat ini dipanggil yayoi dalam bahasa Jepun dan zaman ini telah dinamai Zaman Yayoi mengambil sempena alat itu.Orang zaman Yayoi sangat mempercayai gejala dan alamat (baik atau buruk) ke atas kejadian alam semulajadi. Mereka telah meminta pertolongan peramal atau ahli sihir untuk menjelaskan sesuatu gejala atau petanda-petanda yang membimbangkan mereka. Kepercayaan kepada peramal dan ahli sihir serta keyakinan tentang kekuasaan yang ada pada alam semulajadi telah melahirkan kepercayaan Shinto.

Agama masyarakat Jepun ialah Shinto atau “ Jalan Tuhan” yang merupakan agama asal dari kepualaun Jepun. Shinto dikatakan berasal daripada perkataan Shen yang bermaksud roh danTao yang bermaksud jalan. Ajaran Shinto sekarang ini bukanlah ajaran asli agama tersebut tetapi terhasil daripada pelbagai campuran ajaran dan juga agama seperti Buddha, Toiesme dan juga pengaruh daripada Siberia. Ajaran Shinto terbahagi kepada 5 bahagian yang mana terdapat 4 bahagian yang awal dan satu bahagian yang lahir zaman pemerintahan Meiji.

Bahagian utama agama Shinto ialah Shinto keluarga diraja (Koshitsu Shinto), Shinto Keramat (Jinju Shinto), Shinto Mazhab (Kyoha Shinto) dan juga Shinto Rakyat (Minkan Shinto)  dan semasa pemerintahan Meiji telah digabung Shinto keluarga diraja dan Shinto Mazhab menjadi Shinto Negara. Shinto Negara ini adalah satu propaganda pihak kerajaan Jepun pada masa itu dengan menggunakan khidmat rahib. Shinto Negara ini masih diamalkan pada waktu sekarang seperti dalam upacara kerajaan seperti melawat ke keramat Yasukuni iaitu tempat bagi memperingati rakyat Jepun yang terkorban masa P3rang Dunia ke 2 dan juga dalam menjalankan upacara perkahwinan.

Perkembangan ajaran Shinto hakikatnya berasal daripada kepercayaan Minkan Shinko iaitu kepercayaan rakyat mengenai kami. Kami yang asalnya disembah ditempat yang sering berbeza telah berubah tempat penyembahannya apabila masuk zaman Konfu dimana kami dikaitkan pula dengan asal usul keturunan keluarga. Oleh itu,setiap keluarga pada masa itu memiliki kamidan mempunyai tempat penyembahan khas untuk keluarga.

Semasa pemerintahan raja Yamato, bentuk ajaran Shinto yang diamalkan sekarang telah dibuat kerana raja Yamato sendiri adalah penyembah kami negara berteraskan Amaterasu. Pada zaman pemerintahan Yamato ini,bangunan kekal untuk penyembahan mula didirikan dan barangan seperti cermin,pedang dan barangan kemas dianggap mewakili kami yang disembah. Kojiki dan Nihongi menjelaskan bahawa pada abad ke 7 , Amaterasu telah dianggap sebagai sebagai kami yang agung dalam ajaran Shinto.

Antara cara yang digunakan untuk menyembahkami ialah dengan kaedah Matsuri. Matsuri ialah ritual yang dilakukan untuk penyembahan terhadap kami.Penyembahan kami dilakukan di rumah ( kamidana ) dan juga di jinja atau rumah penyembahan.

Dalam ritual Mitsuri ini, terdapat 4 unsur penting iaitu Penyucian atauharai,persembahan,pembacaan doa dan juga pesta makan namun sekarang ini bukan hanya Jinjayang mengadakan Mitsuri namun turut diadakan oleh pihak gereja.  Pembinaan Jinja atau kuil adalah daripada pengaruh China keatas Jepun.Jinja dibina dengan menggunakan kayu dan sentiasa dibina contohnya di Ise, setiap 20 tahun Jinja baru akan dibina berhampiran monument sebelahnya. Upacara Matsuri di Jinja dilakukan dengan mengarakkan simbol kami kesekelilingJinja.

Ajaran Shinto mula menerima pengaruh Buddha sejak zaman Heian dan zaman seterusnya. Kedatangan Buddha telah menyebabkan kedua agama ini saling melengkapi. Ajaran Shinto digunakan melakukan ritual dan agama Buddha untuk moral. Ini kerana ajaran Shinto bukanlah ajaran yang memiliki sifat moral dan etika. Namun dalam buku Tamadun Islam dan Tamadun Asia tulisan Ghazali Darusalam pula menyatakan bahawa ajaran Shinto berdasarkan kitab Nihong yang memuatkan kisah para dewa dan pendapat ini bertentangan sama sekali dengan tulisan daripada ahli sejarah yang lain.